تاریخچه تاریخچه شکل‌گیری طرح‌های کلان ملی با عنایت به سابقه و تجربه جهانی در اجرای طرح‌های کلان علمی، در ایران نیز انتخاب حوزه‌های اولویت‌دار فناوری برای سرمایه‌گذاری هدفمند در آنها، همواره به عنوان یکی از دغدغه‌های اصلی برای مسئولان و سیاست‌گذاران کشور مطرح بوده است. در این قسمت سعی شده است به صورت اجمالی به سیر تاریخی مهمترین اقدامات ملی صورت گرفته در این حوزه اشاره شود. 1- برنامه ملی تحقیقات کشور برای اولین بار در آذرماه سال 1375 با فراخوان شورای پژوهش‌های علمی کشور شروع و بنیان نهاده شد و با تصویب تبصره 63 قانون بودجه سال 1376 توسط مجلس شورای اسلامی، شکل قانونی گرفت. 2- در سال 1381، سازمان پژوهش‌های علمی و صنعتی ایران، به سفارش معاونت فناوری وزارت عتف و با پشتیبانی سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور، طرح «تعیین اولویتهای فناوری کشور» را به مرحله اجرا درآورد تا با بهره‌گیری از تجارب سایر کشورها و اطلاعات و تجربیات داخلی، الگوی مناسبی را برای تعیین اولویتهای علمی کشور تعریف و اولویتهای فناوری را بصورت علمی و منطقی و با بهره‌گیری از نظرات خبرگان و صاحبنظران تعیین نماید. 3- پس از راه‌اندازی شورای تحقیقات و فناوری در وزارت فرهنگ و آموزش عالی در سال1380، دبیرخانه این شورا اقدام به گردآوری اولویتهای پژوهش‌های توسعه‌ای از سازمان‌های اجرایی کشور کرد و از اجرای تحقیقات در راستای اولویتهای سه وزارتخانه صنایع و معادن، نیرو و ارتباطات و فناوری اطلاعات حمایت نمود. این شورا مجدداً در سال 1382 نسبت به گردآوری و انتشار اولویتهای پژوهشی از 22 سازمان اجرایی اقدام کرد. این اولویت‌ها با هدف ایجاد هماهنگی و توافق بین بخشی در دستور کار شورای تحقیقات و فناوری قرار گرفت. 4- در مردادماه سال 1385 و بعد از تأکید مقام معظم رهبری بر ضرورت تدوین نقشه جامع علمی کشور به عنوان مهمترین نیاز کشور، تلاش‌های گسترده و جدی برای تدوین این سند مهم و راهبردی برای کشور آغاز شد و در 17 اسفند 89، نقشه جامع علمی کشور رونمایی شد. در نقشه جامع علمی کشور فهرست اولویت های علم و فناوری دیده می‌شود. 5- معاونت علمی و فناوری رئیس جمهور در پایان سال 1386، موارد جدیدی را در قالب نه محور تحقیقاتی به عنوان اولویتهای تحقیقاتی کشور اعلام نمود. این محورها علاوه بر پوشش اولویتهای تحقیقاتی مندرج در قانون برنامه چهارم توسعه کشور به استثناء فناوری هسته‌ای، اولویتهای دیگری را که عبارت از فناوری‌های بین رشته‌ای و نوین، میکروالکترونیک، انرژیهای نو، سلول‌های بنیادی، گیاهان دارویی و طب ایرانی و سنتی بود را نیز شامل می‌شدند. 6- وزارت علوم در سال 1387 با بهره‌گیری از پانل‌های تخصصی و با مشارکت دستگاه‌های اجرایی اولویتهای علم و فناوری کشور (100 اولویت) را تعیین نمود. 7- در راستای جمع‌آوری طرح‌های کلان ملی، شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری (عتف) طی فراخوانی در زمستان 1387 از تمامی دستگاه‌ها، سازمان‌ها، دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌ها خواستار ارائه طرح‌های اولویت دار شد. این طرح‌ها پس از جمع‌آوری به دفتر ریاست جمهوری ارسال شد که متأسفانه جمع‌آوری طرح‌های کلان ملی در همین مرحله متوقف گردید. 8- با توجه به نقش شورای عالی عتف در برنامه‌ریزی برای توسعه علم و فناوری، دبیرخانه این شورا از ابتدای سال 1389 تصویب طرح‌های کلان ملی را مهمترین وظیفه خود دانست. در این راستا ابتدا معیارهای ارزیابی و انتخاب طرح‌های کلان ملی پژوهش و فناوری را تدوین کرد. در ادامه هر یک از کمیسیون‌های تخصصی شورای عالی، با توجه به معیارهای مصوب طرح های کلان ملی پژوهش و فناوری را در حوزه تخصصی و با همفکری صاحبنظران دانشگاهی و خبرگان دستگاه‌های ذیربط انتخاب کردند. 9- ریاست محترم جمهور وقت در هفته پژوهش و فناوری (آذرماه سال 1390) بر ضرورت اجرای طرح‌های بزرگ و تاثیرگذار توسط دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌های کشور تأکید فرمودند. 10- دبیرخانه شورای عالی عتف با توجه به پیشینه و فعالیت‌های صورت گرفته در کمیسیون‌های تخصصی در دی ماه سال 1390 تعداد 37 طرح کلان ملی پژوهش و فناوری را با همکاری دستگاه‌های اجرایی تدوین نمود و در کمیسیون دائمی به تصویب رسانید. 11- بدین ترتیب باتوجه به تأکید رئیس جمهور وقت و پیگیری دبیرخانه شورای عالی عتف تا پایان سال 1392 تعداد 47 طرح کلان ملی پژوهش و فناوری به تصویب شورای عالی رسید.